Dem Aufsichtsrat gehören nach dem Hochschulmedizingesetz NRW vom 20.12.2007 an:
- Regierungsbeschäftigter Mathias Richter als Vertreter des für Innovation, Wissenschaft und Forschung zuständigen Ministeriums und Leitender Ministerialrat Helmut Rubin als Vertreter des Finanzministeriums,
- Univ.-Prof. Dr. Jürgen Fohrmann, Rektor der Universität Bonn, als Präsident und Dr. Reinhard Lutz, Kanzler der Universität Bonn, als Vizepräsident für den Bereich der Wirtschafts- und Personalverwaltung der Universität,
- Dr. Wolfgang Riedel, Aufsichtsratsvorsitzender des Universitätsklinikums Bonn, und Dr. Hagen Hultzsch als externe Sachverständige aus dem Bereich der Wirtschaft,
- Univ.-Prof. Dr. Heinz Reichmann und Univ.-Prof. Dr. Dr. h.c. Hugo van Aken als externe Sachverständige aus dem Bereich der medizinischen Wissenschaft,
- Univ.-Prof. Dr. Johannes Schramm als Professor aus dem Fachbereich Medizin und Leiter einer klinischen oder medizinisch-theoretischen Abteilung am Universitätsklinikum Bonn,
- Dr. Birgit Simon als Vertreterin des wissenschaftlichen Personals,
- Horst Löffel als Vertreter des Personals des Universitätsklinikums,
- die Gleichstellungsbeauftragte Sabine Zander mit beratender Stimme.
Die Aufgaben der Geschäftstelle werden von der Geschäftstelle des Vorstandes wahrgenommen.